Den Grundstock zur Heiliggeistspital-Stiftung Freising bildete die Schenkung von Konrad Gaymann durch sein Testament.

Im Laufe der Zeit und insbesondere durch die Zerstörungen des Dreißigjährigen Krieges waren Gebäude und Kirche des Heiliggeistspitals stark verfallen. Mithilfe des Vermögens des Domdekans Christian Graf von Königsfeld konnte in den Jahren 1686 bis 1688 als Ersatz das jetzige Spitalgebäude mit stattlicher Fassade und schönem Innenhof in der Heiliggeistgasse erbaut werden. Mit der Säkularisation von 1803 ging die Verwaltung des Heiliggeistspitals, die bis dahin beim Freisinger Domkapitel lag, auf eine staatliche Stiftungsadministration über. Das Vermögen des Spitals, das im Laufe, der Jahrhunderte durch zahlreiche Zustiftungen und bedeutende Schenkungen beträchtlich vergrößert worden war, wurde mit dem Vermögen der übrigen Wohltätigkeitsstiftungen in der Stadt Freising vereinigt und erlitt starke Verluste.

1853/1854 wurde eine Reform des Heiliggeistspitals durchgeführt. Die Heiliggeistspital-Stiftung und die anderen Wohltätigkeitsstiftungen wurden je einer eigenen Verwaltung unterstellt. Die ersten Statuten (Regula hospitalis) waren vom Freisinger Bischof bereits um 1450 erlassen und 1702 geändert. 1855 und 1864 wurden neue Satzungen für die Pfründneranstalt im Heiliggeistspital vom Magistrat und Armenpflegschaftsrat der Stadt Freising eingeführt, 1909 trat eine neue Hausordnung in Kraft.

In den 1970er Jahren kam die Pflegeeinrichtung an der Rotkreuzstraße hinzu. In den 1980er Jahren wurden die barocken Gebäude in der Heiliggeistgasse umfassend renoviert und modernisiert. 1985 -1987 wurde die erste Seniorenwohnanlage, das Heiliggeist Wohnstift in der Heiliggeistgasse 17, erbaut. Damit wurde das Angebot der Heiliggeistspital-Stiftung Freising auf die Wohnform „Betreutes Wohnen“ – Wohnen im Alter erweitert. Seit 1996 ist die Heiliggeistspital Stiftung Freising eine Stiftung des bürgerlichen Rechts mit Sitz in Freising.